2000年以后的作品大致可以从两方面去看，一方面是在思想观念上的探寻和认识，比如对生命的存在价值和意义的思考，对生命在时间流中的形式的认识，等等。他采用佛教对生命的静观和冥思，表现时间和生命的辩证关系，如《禅花》系列（2000-2004）、《忆江南》系列（2005-2007）。虽然后者不完全表现植物，但是可以看作一种事物的两个方面，因为前者从花飞花落看生命的短暂，后者从水的流逝、雨打芭蕉的流动看到生命不可复返的状态。道家的空灵虚淡和儒家的重视当下，同样是时间的表达，也同样是对生命存在方式和意义的回答。这种状态在2009年以后的《海上花》系列里更为大胆和直接。
另一方面是2000年以来画家对形式语言的不断实验，与艺术观念同步，也出现阶段性变化。他在每一组主题处理中，包含着相应的艺术手法试验。他常常以大画和小画作组合试验，在小画中获得的点滴心得，被用进大画的形式组合。小画的随意和可控性强，为要求更复杂的大画创作进行准备。如在探讨生命的短暂和人的精神永恒性问题的最初《禅花》系列里，就有纸本的小幅作品中用字母、划痕，点线面和色彩的覆盖、重叠，不同肌理的对比，覆盖后的痕迹显现、对比等等形式手法的丰富试验，而这些手法成为处理更复杂的大画的形式基础，使其大幅作品在艺术发挥和激情释放方面显得较为纯熟和辉煌。那些经过试验的形式处理，对应于心理结构中的反复和延展、顿挫和消遁、显现和隐去等与情感记忆有关的节奏起伏，技法显得成熟而恰到好处。
与这组作品的摇曳多姿相比，之后创作的《海上花》系列显得更为直接和明朗。虽然都以“花”为主题，相对于《禅花》的超凡脱俗，后者更具红尘滚滚的繁华喧闹。画家直接将浓稠颜料形成自然流淌的节奏而满布画面，那些颜料五彩缤纷，或如水的透明流动，或如漆的粘稠起皱，互相交叠、挤压，交错浸染成不同的色块和色带，共同形成密不透风的坚固表层，具有物质的结实特性。
水的意象显然和花的意象紧密联系一起，这在他的《忆江南》、《醉湖》系列中有充分显示。在这些与天和水有关的绘画里，大部分呈现了水的意象，花的意象也在水中——“水中花”“浪中花”“雾中花”……看它的形式语汇，水的符号呈现的是直线，垂直或平行。这些直线不全是他早期经验生活所得，比如黄土地、山坡、天空和花草等往往呈现更多的是曲线。他的直线与他早期工艺设计和版画创作有关。在有关水的主题作品中，直线表现了一种平常所看不到的水的状态，那就是硬朗犀利并且有层次的分割。那种水的触感，有若玻璃般冷硬，薄而锐利，清冷透彻，但也温柔如绸、棉，有窒息感的一面。艺术家从水的世界就已经演绎了更广阔的“道”，因为水接近直接真相：“上善若水”，人们通过对水的观察思考，上升到理性的空明世界，也从日常间隙中靠近世界的真相。李磊的作品带给我们的启示也仿佛如此。
